具有液相色譜LC前端的串聯(lián)質(zhì)譜MS，特別是三重四極質(zhì)譜（也稱之為“串聯(lián)”）質(zhì)譜（LC-MS/MS），這種儀器在過去的十幾年里逐漸取代了GC-MS和單四極質(zhì)譜監(jiān)測器（LC-MS），成為質(zhì)譜實驗中用到的主要儀器之一。

液相色譜質(zhì)譜聯(lián)用技術LC-MS/MS儀器包括大氣壓電離源，通常為ESI源或大氣壓化學電離源，由離子入口和聚焦組件耦合，提供從大氣壓到真空的轉換和離子聚焦，進入第一質(zhì)量過濾裝置，接著進入碰撞室，該碰撞室充滿用于碰撞誘導離解的低壓氣體，接著進入第二質(zhì)量過濾裝置，最后進入離子檢測器（電子倍增器）。

液相色譜質(zhì)譜聯(lián)用技術儀可以在儀器靈敏度和質(zhì)量分辨率范圍內(nèi)進行五種不同的掃描模式：

1.全掃描：掃描兩個質(zhì)量過濾器的整個（或部分）質(zhì)量范圍，而碰撞室不包含任何碰撞氣體。此試驗可以查看樣品中包含的所有離子。

2.子離子掃描：在第一質(zhì)量過濾裝置中選擇一個特定的m/Q，用碰撞氣體填充碰撞室使所選m/Q破裂，然后掃描第二質(zhì)量過濾裝置的整個（或部分）質(zhì)量范圍。該實驗可以查看所選前體離子的所有碎片/產(chǎn)物離子。

3.前體離子掃描：掃描第一質(zhì)量過濾裝置的整個（或部分）質(zhì)量范圍，在碰撞室中填充碰撞氣體，將掃描范圍內(nèi)的所有離子碎片化，然后第二質(zhì)量過濾裝置選擇一個特定的m/Q分析。此實驗可以通過檢測產(chǎn)物離子和檢測之前的m/Q的時間相關性，確定哪個m/Q前體離子可能產(chǎn)生所選產(chǎn)物離子。

4.中性丟失掃描：在第一質(zhì)量過濾裝置的整個（或部分）質(zhì)量范圍內(nèi)掃描，用碰撞氣體填充碰撞室使掃描范圍內(nèi)的所有離子破碎，然后在預定范圍內(nèi)掃描第二質(zhì)量過濾裝置，該預定范圍對應前體掃描范圍內(nèi)每個潛在離子發(fā)生的特定質(zhì)量的破裂引起的損失。該實驗可以識別失去選定的通用化學基因的所有前體。

5.選擇（或多個）反應檢測（SRM或MRM）：在第一質(zhì)量過濾裝置選擇一個特定的m/Q，用碰撞氣體填充碰撞室，將選定的m/Q碎裂，然后第二質(zhì)量過濾裝置從這些片斷中選擇一個特定的m/Q進行分析。這個實驗可以對第一質(zhì)量過濾裝置中的分析物進行特定的檢測，已知該m/Q是特定于第二質(zhì)量過濾裝置選擇的產(chǎn)物離子的片段。對于這個特定的離子對檢測靈敏度也大大提高，因為檢測器現(xiàn)在主要處理這個單一分析物待定的離子對，并且可以在幾個周期內(nèi)重復這樣做。