現(xiàn)在絕大多數(shù)食品檢測實(shí)驗(yàn)室均是配置色譜-質(zhì)聯(lián)用儀，單獨(dú)使用質(zhì)譜儀檢測的已經(jīng)非常少了。單獨(dú)使用的是應(yīng)用同位素質(zhì)譜儀檢測蜂蜜等食品中的同位素比，以確定產(chǎn)品是否摻偽。

二手GC-MS 是高分離功能的GC與能提供被測物質(zhì)分子信息的MS聯(lián)用分析儀器。兩種儀器功能互補(bǔ)，使儀器的分析功能更強(qiáng)大。例如：質(zhì)譜能提供被測物的特定分子信息，對化合物的定性更加準(zhǔn)確。質(zhì)譜無法區(qū)分同分異構(gòu)體，而色譜分離同分異構(gòu)體很容易。所以，色譜-質(zhì)聯(lián)用儀的功能是1+1>2。

現(xiàn)在二手GC-MS氣相色譜-質(zhì)譜的氣相色譜部分均采用高分離性能的毛細(xì)管色譜，可以選配不同類型的進(jìn)樣口，如：最常用的分流/不分流進(jìn)樣口和（溫度/壓力）可編程控制進(jìn)樣口。柱箱多級程序升溫控制。氣質(zhì)聯(lián)用性能：現(xiàn)在國內(nèi)市場上比較常見品牌的主流型號GC的性能、功能并無多大差異。故在GC方面不再做比較。
MS的類型有多種，通常是按照分析器的類型來分，有四極桿質(zhì)譜、離子阱質(zhì)譜、飛行時間質(zhì)譜、四極桿串聯(lián)質(zhì)譜、高分辨磁質(zhì)譜等。不同廠家的不同型號的MS性能、功能、價格或者說性價比都存在較大差異。

二手GC-MS氣相色譜-質(zhì)譜 目前食品檢測實(shí)驗(yàn)室配置使用的GC-MS聯(lián)用儀多配置低分辨MS，這類儀器以目標(biāo)化合物的定性、定量為主，兼有一定的未知物定性功能。選用這類儀器有兩個目的：

第一， 主要目的，是對食品中殘留物進(jìn)行分析

既然是用于殘留物分析，儀器的靈敏度至關(guān)重要，也是選儀器時首先應(yīng)考慮的。但這不是唯一的指標(biāo)（特別是不能僅看標(biāo)稱指標(biāo)），還要綜合考慮儀器的分辨率、質(zhì)量穩(wěn)定性、質(zhì)量范圍、動態(tài)線性范圍、抗污染能力（包括儀器離子源、預(yù)四極等部件的清洗維護(hù)是否方便）、以及軟件操作是否方便等。

二手GC-MS氣相色譜-質(zhì)譜在殘留物的分析中應(yīng)用愈來愈普遍，因?yàn)镸S是一個通用型檢測器，對大多數(shù)有機(jī)化合物都有比較好的響應(yīng)。另一方面，四極桿質(zhì)譜檢測時有一個選擇離子方式（SIM方式），與全掃描方式相比可以提高檢測靈敏度2、3個數(shù)量級，檢測靈敏度較氫火焰檢測器（FID）、火焰光度檢測器（FPD）、氮磷檢測器（NPD）高，稍遜于電子俘獲檢測器（ECD）對有機(jī)多鹵素化合物的檢測。殘留物分析多為目標(biāo)物檢測，所以，用SIM方式檢測既有廣譜性（對化合物的響應(yīng)而言），又有特異性（對不同化合物各自的特征離子而言），特別適合用于多種殘留物的檢測，提高分析效率。
現(xiàn)在儀器公司買儀器時所列出的技術(shù)指標(biāo)有：靈敏度、分辨率、質(zhì)量穩(wěn)定性、質(zhì)量范圍、動態(tài)線性范圍等。 

靈敏度值相比高了很多現(xiàn)在表述靈敏度是用八氟萘（OFN），如：EI+，1pgOFN信/噪（S/N）>100?，F(xiàn)在的信/噪比是RMS（均方根）方式，數(shù)值上與過去的靈敏度值相比高了很多。過去信/噪比是峰-峰比，即：信號的峰高/基線噪音的峰高，比較一目了然，自己拿尺子量都能量出來。
做靈敏度指標(biāo)時應(yīng)該注意幾個問題：
（1）應(yīng)該先做分辨率，在保證單位質(zhì)量分辨時，再做靈敏度?？梢圆捎靡环N近似方法，即半峰高處的峰寬不小于1/2峰寬。靈敏度與分辨率成反比，若為了靈敏度而損失分辨率，會降低了質(zhì)譜定性功能。
（2）質(zhì)量掃描范圍也應(yīng)有規(guī)定，比如：OFN，200-300amu，掃描范圍減小也能提高信/噪比。這些限制性條件應(yīng)在談合同時就確定下來。
（3）檢測電壓應(yīng)該是正常檢測時的工作電壓，不同型號的質(zhì)譜儀因參數(shù)表示的含義有差異，所以，各家儀器推薦使用的檢測電壓值也不同。但是，做靈敏度測試時的電壓不應(yīng)高于推薦正常使用時的工作電壓。否則在實(shí)際工作時就會有問題，因?yàn)閷?shí)際樣品檢測時是有基質(zhì)干擾的，高電壓不能提高信/比，而且還會使電子倍增器壽命降低。
其實(shí)做標(biāo)準(zhǔn)品的指標(biāo)只是個參考，將來做基質(zhì)復(fù)雜的實(shí)際樣品（如動物內(nèi)臟）能得到好的、穩(wěn)定的結(jié)果才是關(guān)鍵。 所以在購儀器前做一個實(shí)際樣品到儀器上實(shí)測試一下，進(jìn)一步了解一下各種儀器用戶的反應(yīng)，比僅僅只比指標(biāo)會更好。
儀器的其它指標(biāo)：
對于低分辨質(zhì)譜，分辨率達(dá)到單位分辨一般沒有問題。
質(zhì)量范圍現(xiàn)在多標(biāo)稱為2~1025（或1500）u，這個質(zhì)量范圍對二手GC-MS夠用了。

二手GC-MS 氣相色譜質(zhì)譜聯(lián)用 分析物是揮發(fā)或半揮發(fā)物質(zhì)，分子量一般不會太大。要注意的是若做污染物十溴聯(lián)苯（MW954）和十溴聯(lián)苯醚（MW 970）檢測，不能選質(zhì)量數(shù)小于1025u的。 質(zhì)量的穩(wěn)定性一般在0.1amu/8hr，這個指標(biāo)其實(shí)也挺重要的。好的儀器幾個月校正一次質(zhì)量數(shù)即可，差的每周都要校正。雖不影響檢測，但增加操作者的工作量。 線性范圍大于10e4，對殘留分析夠用了。這些指標(biāo)驗(yàn)收儀器時均需要按照合同的規(guī)定認(rèn)真做。

此外，儀器的一些功能在驗(yàn)收儀器時也一定要都親手做一遍，比如：化學(xué)電離源（CI）的更換、直接進(jìn)樣桿的操作、復(fù)合電離切換方式（EI/CI）、復(fù)合掃描方式（TIC/SIM）等。許多農(nóng)藥含有鹵素和電負(fù)性基團(tuán)，因此有電負(fù)性。負(fù)化學(xué)源（NCI）檢測這類物質(zhì)可以獲得較高靈敏度，這是由于NCI的本底較低，檢測電負(fù)性物質(zhì)時可以獲得更高的信/噪比。對于定性也可以起到補(bǔ)充確證的作用。做NCI時需要通入反應(yīng)氣，所以，要求儀器的真空系統(tǒng)要比較好?，F(xiàn)在廠家提供的GC-MS配置是可以選配的，若配NCI就一定要配置大抽率的真空泵，起碼大于250L/min，最高配置有2×200L/min。另外，還應(yīng)考慮更換離子源的方便性，有的型號儀器更換離子源可以不破壞真空。

殘留分析通常是目標(biāo)物檢測，目標(biāo)物多為農(nóng)藥、獸藥、添加劑、化學(xué)污染物等。這里的定性僅僅是對目標(biāo)物進(jìn)行確證。對于這種定性可以用兩種方法，一是與儀器自帶的NIST譜庫（2006版提供約14萬多張）的質(zhì)譜圖進(jìn)行比對，二是與對應(yīng)的標(biāo)準(zhǔn)品的質(zhì)譜圖進(jìn)行比對。實(shí)際檢測時后者的比對方法更好、更準(zhǔn)確。因?yàn)椋粶y物經(jīng)過前處理和毛細(xì)管柱后，基質(zhì)的干擾會使被測物質(zhì)譜圖的離子碎片和豐度比與NIST譜庫的質(zhì)譜圖（通常是由純品直接進(jìn)樣得到的）產(chǎn)生偏差。而且，定量時也需要有標(biāo)準(zhǔn)品。

第二，分析功能是對未知物分析
這里的未知物并非真正意義上完全未知的物質(zhì)，若真是那種完全未知的物質(zhì)僅僅靠MS，特別是低分辨的MS對其準(zhǔn)確確證還是很難做到。這里的所謂未知物其實(shí)是已被人們認(rèn)知的物質(zhì)，該物質(zhì)的質(zhì)譜信息已被收錄在了NIST譜庫中，只是我們檢測的物質(zhì)中不知含有這些物質(zhì)中的那一種。比如，不同地域的同一種天然產(chǎn)物產(chǎn)品的成分是不太一樣的，同為玫瑰精油，國產(chǎn)的和進(jìn)口的成分組成存在差異，通過MS分析及與NIST譜庫比對，就能找出兩種精油特征物質(zhì)是什么，量有多少差異，不同在那里。再如，養(yǎng)魚塘里的魚突然死了，搞不清是什么原因，那么就取魚塘里的水化驗(yàn)一下，水里含有什么物質(zhì)并不清楚，這時我們就認(rèn)為水里含有某種未知物。拿到實(shí)驗(yàn)室化驗(yàn)，經(jīng)質(zhì)譜NIST譜庫檢索比對，初步認(rèn)為驗(yàn)出了甲胺磷。為保險起見，再打一針甲胺磷的標(biāo)準(zhǔn)品，結(jié)果保留時間、離子的豐度比都一致，最終確定水里含有的甲胺磷是致魚死亡的原因。這類工作在日常工作中遇到的比較少，其對儀器的要求就是檢測得到的質(zhì)譜圖與NIST譜庫的盡可能相近，這樣得到的結(jié)果會更準(zhǔn)確些。所以，這種最好選擇四極桿質(zhì)譜、飛行時間質(zhì)譜或高分辨磁質(zhì)譜。而離子阱質(zhì)譜，特別是內(nèi)源式離子阱質(zhì)譜得到的譜圖與NIST庫譜圖差異要大些。